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根据刑事诉讼法的规定，危害食品、药品安全犯罪案件的地域管辖，应当坚持以犯罪地管辖为主、被告人居住地管辖为辅的原则。“犯罪地”包括“犯罪行为发生地”和“犯罪结果发生地”，其中，涉案食品、药品的生产地、运输地、收购地和贩卖地均属于犯罪行为发生地；犯罪所得的实际取得地、藏匿地、转移地以及犯罪造成的人体健康危害后果发生地均属于犯罪结果发生地。对主要利用互联网实施的销售型危害食品、药品安全犯罪，犯罪地还包括用于实施犯罪行为的网站服务器所在地，网络接入地，网站建立者、管理者所在地，犯罪嫌疑人、被害人使用的计算机信息系统所在地，被害人被侵害时所在地，以及被害人财产遭受损失地等。
查办危害食品、药品安全犯罪涉及犯罪事实存在关联的上下游犯罪，并案侦查后又分案起诉的对其中犯罪地、住所地均不在当地的犯罪嫌疑人，应当报请有管辖权的上级公安机关在案件移送审查起诉十日前书面商请同级人民检察院、人民法院指定管辖。同级人民检察院、人民法院应当在七日内书面予以答复。
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